1987年夏天,門諾醫院急診室一位未滿十六歲的少女被送來,她因為長期感染性病併發骨盆腔炎,導致敗血休克,經過醫師全力救治才搶回少女的性命。更令人震驚的是這個女孩在八歲的時候,就被拐賣到台北娼館接客,過著暗無天日、悲慘的生活。

於是,幾位來自教會以及熱心公益的婦女,自掏腰包成立「善牧協會」,常常不顧自身的安危,走訪許多部落、社區,只要知道有誰家的女孩可能被賣,在沒有任何公權力的保護之下,她們甘冒危險去搶救,把她們帶到安全的地方,照顧並保護她們。

「善牧」一詞是源自於聖經,意思是好牧人。當年那群充滿愛心的婦女就是依循好牧人的精神,像照顧受傷的小羊一般,細心呵護被救回來的不幸少女。

1993年,前執行長吳方芳女士在辦公室門口被人毆打成傷,成為當時震撼人心的社會事件,善牧的工作才逐漸引起大眾的關懷。於是,一批批的志工開始參與社區夜間輔導的工作,一方面加強孩童的課業,一方面默默的守護著他們。

1994年善牧協會正式向內政部立案,成立「財團法人台灣基督教門諾會花蓮縣私立善牧中心」。

1987 年底「花蓮善牧協會」成立。

1990 年 「花蓮善牧協會」更名為「花蓮善牧中心」。

1991 年 「花蓮善牧中心」正式納入財團法人台灣基督教門諾會聯會運作。

1992 年 向台灣基督長老教會美南差會租得宣教士宿舍,作為辦公室,同時收容不幸少女,收容場所命名為「善牧園」。

1993 年 「善牧園」更名為「希望園」。

1993 年 社區教育部門成立,開始實施原住民社區青少年夜間課業輔導。

1994 年 「花蓮善牧中心」正式向內政部申請立案,成立「財團法人台灣基督教門諾會附設花蓮縣私立善牧中心」。

1994 年 希望園遷至自購公寓,使收容之少女能安置在安全、隱密的獨立宿舍。

1995 年 社區部門正式開辦「蓮花方案」,於暑假期間進行原住民社區兒童、青少年的營隊活動。

1995 年 與金車教育基金會合辦「用愛點亮後山希望」系列活動。

1996 年 開設「茉莉家園」,安置受暴婦女及特殊個案。

1997 年 推動兒童自我保護方案。

1998 年 爭取「中途學校」之設立。

1998 年 獲選第二屆促進原住民社會發展有功團體。

1999 年 「九二一大地震」後,針對南投災區,發動大規模的賑災活動。

1999 年 榮獲台灣省績優兒童少年福利團體。

2000 年 與縣政府洽談進駐花蓮縣社會福利館事宜。

2001 年 3月辦公室遷入現址(花蓮市文苑路12號6樓),繼續推動原有事工。

2001 年 桃芝颱風過境,針對光復鄉大興村災區,展開各項救災事宜。

2001 年 10月於舊辦公室(美南差會宣教士宿舍)成立「飛炫屋」青少年活動中心。

2002 年 中心榮獲教育部頒發「九十年度青少年輔導計畫績優學校暨有功人員」獎。

2003 年 正式成立「未婚媽媽中途之家」,推動尊重生命各項宣導事宜。

2003 年 中途之家辦理「外籍新娘」關懷外展服務。

2003 年 7月「飛炫屋」青少年活動中心搬遷至現址:花蓮市中美路61號。

2005年 正名未婚懷孕安置所為「愛麗絲家園」。成立三棧、東昌、博愛新村、崙山等「社區飛炫屋」。

2006年 聯合東森慈善基金會、東森文化基金會於砂卡礑社區啟動【守望原鄉‧希望部落】– 打造部落學習教室實施計畫。 針對安置的少女,執行『活力創意大拼盤』計畫,鼓舞正向學習態度。內政部評鑑為優良機構。

2007年 聯合民間企業進行公益募款,啟動「公益夥伴」專案。針對現階段安置個案,或曾經接受花蓮善牧中心安置輔導等相關個案,執行「原樂徽音」計畫,進行音樂性團體之建置。執行長陳在惠牧師因善牧事工榮獲第六屆金舵獎。

2008年 聯合社團法人台灣婦女團體全國聯合會爭取「公益彩卷回饋金」,啟動「單親家庭服務 網絡計畫」,擴充單親業務服務效能。針對現階段安置個案,執行『打造心生活』計畫,進行攝影訓練,辦理大自然體驗及鐵道自助旅行,累積個案獨立能力,培養生活知能和反應,最終透過影像日記呈現個案成長記錄。榮獲內政部「97年度全國推動家庭暴力、性侵害及性騷擾防治工作有功人士及團體」。

2009年 聯合法人團體、民間企業、部落產業,建構行銷平台,擴大「公益夥伴」專案,形成多元化效益。針對莫拉克颱風(八八風災)重創台東太麻里,啟動「台東太麻里復原救助計畫」,結合民間企業資源,聘募部落待、失業人力,投入救災復原工作,並於壢丘成立部落教室,提供青少兒飲食課輔等服務。執行「安置家園服務學習」之行動計畫:以「服務學習」觀念與方法,導入個案安置輔導模式, 以【灌溉】-個人與組織培力、【滋潤】-服務機制建置、【光合作用】-服務學習實務三大策略與細項方法,逐步導引個案朝向多元學習與發展,同時催化個案正向與回饋的連續性感受。

2010年 執行長陳在惠牧師因健康因素,申請提前退休,機構內部進行業務調整。以系列性體驗活動,為安置少女辦理「轉˙青春˙大人」畢業成年禮,並由在園少女共同參與見證過程。